当俘虏和被拘禁平民上船的时候，必须通过日本兵的行列，被殴打脚踢。关于这种航行，最初引起我们注意的是当时在俘虏运输船上所实施的“俘虏规则”。在这种规则中除其他规定外尚有下列规定：违反下列命令的俘虏，立即处死刑。(甲)不服从命令和指示者。(乙)有敌意的举动和反抗的征候者。(丙)未经许可谈话并出大声者。(丁)没有命令而步行移动者。……(戊)没有命令而上梯子者。……大日本帝国海军并无意将你们全部处死，如遵守日本海军的一切规则并协助日本建设“大东亚新秩序者，当予以优待。”在某次航行中，俘虏被塞在没有寝台设备的煤库中，只能站立在煤炭的周围。在其他航行中，将极易燃烧的货物与俘虏放在一起塞满了整个的船舱。将俘虏运输船尽量塞载的方法，不仅使俘虏遭受种种显然的不便和健康上的危险，并且当船沉时几乎没有脱险的可能。
因为盟军无法辨认日本的俘虏运输船和其他船舶的区别，所以俘虏运输船和其他船舶一样经常遭遇盟军的攻击。结果是许多船被击沉，死了数千的同盟国俘虏。当遭遇盟军攻击时，有时候为防止俘虏脱逃就关闭住升降口，并经常配置携有手枪和机关枪的日兵，命令他们如果发现推开升降口想从沉船中逃走的俘虏就开枪打死。这种事情曾发生在“里斯本丸”上。这艘船是载运英国俘虏从香港出港的，在航行中，一九四二年十月被击沉了。在其他时候，当船沉后，对于落在水中的俘虏，就开枪打死或用其他方法打死。这是在“鸭绿丸”上所用的方法。这条船载着美国俘虏从马尼刺出航，一九四四年十二月在航行中被击沉。一九四四年六月当“万·华略克号”(Van Waerwych)在麻六甲(Mal-aces，此处翻译错误，应为马六甲海峡，作者注)海峡沉没时，曾发生同样的事件。一九四四年九月，当载运着大批的安波人(Ambonese)俘虏和征用的印尼工人的“顺洋丸”在苏门答腊东面海中沉没时，又发生了这种事情。
