在船舱里，排泄是个大问题，日本人在甲板上修建了简易厕所，但是战俘要上厕所的时候必须说服看守放行，否则只能憋着。日本人的厕所很简陋，排泄物直接进入大海。很多罹患痢疾的人，没有力气爬上甲板上厕所，只能排泄在船舱里，这让船舱里的气味更加难闻。日本人没有给任何战俘提供任何医药。这艘船在丹戎不碌港口停泊了3天，海上航行了4天，总算到了新加坡。
第二批战俘是10月11日乘坐“大日丸”号离开爪哇岛的，他们面临的船舱条件与“银空丸”号类似。船舱也是被木板分成两个隔间，每个隔间又有三层，层高也是30英尺。日本兵赶着战俘一层一层地填满这些空间，先从最底层开始。为了塞下尽可能多的战俘，日本兵用枪托恐吓战俘，战俘本能地往后退缩，日本兵随即就拽过一个战俘来塞在战俘中间，以致战俘们没有足够的空间躺下来睡觉，大家只能轮班睡觉—一班睡觉，另一班就坐着，有些战俘只能坐在其他战俘的腿上，或者让后面的战俘叉开腿，自己坐在两腿中间。美国战俘伊洛·哈德讽刺说，即使躺在棺材里，也比他们睡的地方大。
船舱里的气味同样难闻，该船的日本看守更加严厉。他们规定，战俘如厕必须先经过他们的同意，这增加了很大的麻烦，很多战俘必须先爬到看守那取得许可，才能上厕所，离看守远的战俘要在其他战俘身上爬一个来回，才能得到上厕所的机会。很多战俘是痢疾患者，坚持不了时就很可能拉在请示的路上。船舱里弥漫着屎尿的恶臭，再加上令人窒息的高温，让人作呕。
“大日丸”号给战俘提供的水非常少，每人每天一小罐。美国战俘朱利叶斯·海涅回忆：“我们全都处于严重脱水的状态……到最后我们都尿不出来了，因为我们体内没有水分可作为尿液排出。”这艘船上的战俘们也只能喝船舱冷凝管的水滴止渴。美国战俘阿尔夫·布朗斗胆偷喝了日本看守煮的热水，因为渴，他一下子把壶里的热水全喝了：“那该死的水真烫，但是我快渴死了，我的嗓子可能会被烫熟，但我顾不了那么多了，为了不被日本兵发现，我迅速地把它全喝了。”
