休伯特被处死后的第二年，火灾委员会正式出具调查报告，结论是没有证据证明伦敦大火灾是人为纵火。此时，纵火阴谋论已深入人心，再无人相信死者的清白。
休伯特被处死后的第三年，一个名叫泰斯特·奥茨的人捏造谣言，宣称一批耶稣会教士拟定了一个暗杀国王查理二世的计划。该事件导致20多人被处死，史称1668年“天主教阴谋案”。此案促使众议院通过决议，将伦敦大火灾归咎于天主教团伙叛乱，并将此判决刻在大火灾纪念碑上。直到1831年，这项莫须有的罪名和毫无根据的指控才从碑体抹去。
“我将再起”
伦敦大火灾前后，荒诞可悲的故事轮番上演。然而，著名建筑师克里斯托弗·雷恩为新圣保罗教堂选定的座右铭“我将再起”（resurgam），则昭示这场火灾为后世储蓄了积极的资源。
大火熄灭仅1个月，英国议会便通过第一部《伦敦重建法案》，严格规范建筑标准和建筑材料，以根除住宅火灾隐患。法案规定了街道的宽度、民宅的高度，明确建材只允许使用石头和方砖，严禁拓宽顶部楼层。违反条例的房屋一律拆除。
4年后，指导大型公共建筑重建工作的第二部《重建法案》发布。克里斯托弗·雷恩被委以设计和督建新圣保罗大教堂的重任。这座与原教堂风格迥异的宏伟建筑至今仍是标记英国国教身份的一张名片。
建筑要防火，救火设施、救灾制度也要现代化。伦敦大火灾带来了改变历史的三样新发明：消防栓、火灾保险公司和消防局。
1668年，伦敦市发布《防火条例》，要求在每条街最显眼的地方安装消防栓。1667年，内科医尼古拉斯·巴本从灾后财产纠纷中发现商机，创建史上第一家火险公司。公司自备消防队，每个投保客户有独一无二的保险号，保险公司可应召救火。随着保险公司陆续成立，各公司消防队协同救火的实践日益增多，最终促成伦敦消防局组建。
种种措施，帮助伦敦破除重复千年的焚毁-重建之轮回，在18世纪成长为欧洲最大城市。伦敦不负众望，实现了克里斯托弗·雷恩一代的“再起”预言。
伦敦大火灾如同一个舞台，演示了人类历史上许多大灾难的共性：灾难总与阴谋论共生，灾难时常被人利用。可是，它也告诉我们，劫后重生的希望总会为直面灾祸、勇敢自我纠错的人们预留的。
