1910年7月，蔡锷成了广西军界的大佬。他很善于掩藏自己，出进都坐着大轿，开口都是官方语言，这样使得同盟会的成员很不放心让他掌握广西的军权。广西的经济实力支撑不了那么多新军，要裁剪学员，于是考试决定去留。然而考试及格的多是湖南人，蔡锷又是湖南人，同盟会抓住这一点，鼓动广西学生造反，要求驱逐蔡锷。地方官感觉到这么闹下去不行，跟蔡锷说：“你辞职吧！”蔡锷一听二话不说马上辞职。
发起“重九起义”
1911年初，应云贵总督李经羲之邀，蔡锷来到云南，7月就任新军第19镇第37协协统。在等待任命时，蔡锷编了一本书，就是中国十大兵书的最后一本《曾胡治兵语录》，“论持久战”、“游击战”等词语其实都出自其中。
武昌起义爆发，消息传到云南，蔡锷与唐继尧等人歃血为盟，决定10月30日深夜起义，蔡锷为总司令。那一天是旧历的九月初九，故称“重九起义”。11月1日，“大中华国云南军都督府”成立，蔡锷被推为都督。这一年，他29岁。
蔡锷是个道德感极强的人，重情义。李经羲对蔡锷有恩，恩人在敌对阵营怎么办？蔡锷动员李总督起义，遭到拒绝，于是在发动攻势前，将其带到法国领馆避难。起义成功后，蔡锷把李经羲和家属都接到临时军政府，最后送出云南。古人说：慈不掌兵。蔡锷却偏偏以仁慈之心掌兵。他的人道精神，使他与传统的武人区别开来。
以风月场所作掩护重回云南
1913年10月，蔡锷离开云南，去了北京。袁世凯说：“孙氏志气高尚，见解亦超卓，但非实行家；黄氏性质直，果于行事，然不免胆小识短；蔡锷远在黄兴及诸民党之上，此人之精悍即宋教仁或亦非所能匹。”在袁世凯眼里，孙中山、黄兴都远不如蔡锷，甚至宋教仁也未必比得上蔡锷。袁世凯把蔡锷调到北京，应该是准备重用的。
