而距离乐山较近的医学院校，仅有成都的华西大学医学院和重庆的中央大学医学院（他当时不知道上海医学院也已迁到重庆），距离乐山都很远，来往参加考试需要一笔不菲的费用支出，吴新智不希望家里为此没有把握的事多承担费用。

所以，受父亲“远离黑暗的政治，作自由职业者，保证自己生存，帮助穷苦人家”的教导，最终报考了国立武汉大学的法律系。

二人担心被校长阻挠，不敢用各自原来的名字报考，吴新智用夭折的弟弟——吴新基的名字报考，柳绍铭以柳焯的名字报考了物理系。考试成绩出来后吴新智考了第一名，大家奔走传告，赞不绝口。

吴新智为了实现作医生的理想和保持享受借贷金的资格，一边读国立武汉大学法律系，主要是在家自修；一边仍旧在附属中学读高中三年级，以便1946年能有高中毕业文凭报考医学院。

1946年吴新智报考同济大学时入学证件照

1946年暑假，吴新智读完高中三年级顺利获得毕业证书，也获得大学一年级的学分和“复原护照”（帮助学生在从四川回到武汉路途中通行无阻的证件）。

正好此时上海商业储蓄银行收缩在大后方的网点，父亲吴瑞庭被调往上海，全家便离开乐山，途经重庆、贵州、湖南，再从武汉乘船去上海，此时正值各大学招考的时期，在路上也可以报考：贵阳医学院、湘雅医学院、中央大学医学院。但是由于交通不便，银行租用的卡车烧木炭，电路、油路经常出问题，需要检查维修部件，吴新智错过了所有报考的机会。

深秋到达上海时，大部分学校考试已经结束，仅余沈阳医学院、同济大学医学院、山东大学医学院尚可报考，吴新智立即参加招生考试，因成绩较好同时被三所学校录取，最终决定入读名气最大并且离家较近的同济大学医学院。