此后，经过7年的水下考古调查勘探，长江口二号古船的基本情况得以探明。这艘木质帆船确认年代为清代同治时期（公元1862—1875年），所在水域水深8至10米，船体埋藏于5.5米深淤泥中，残长约38.1米、宽约9.9米，已探明有31个舱室。从目前的勘测情况看，推测为清代上海广为使用的沙船的可能性最大。

通过选取4个舱室进行小范围清理，舱内均发现有码放整齐的景德镇窑瓷器等精美文物。另外，在船体及周围还出水了紫砂器、越南产水烟罐、木质水桶残件、桅杆、大型船材、铁锚、棕缆绳、滑轮以及建筑材料等大量文物。特别是出水的绿釉杯底书有“同治年制”款，为古船的断代提供了重要的依据。

2021年和2022年，上海市文物局又两次组织水下考古专业机构对长江口二号古船及周围进行了水下调查，清理出了前几次调查未发现的元代瓷器和高60厘米完整的豆青釉青花大瓶等大型整器，以及一批产自江苏宜兴窑陶瓷器。

长江口二号已经出水完整或可修复的文物种类之多、数量之大，甚至给上海市文物保护中心副研究馆员赵荦带来了一点甜蜜的“烦恼”，她挥手比划，“这里根本放不下，我们到处借地方，最远的寄存到了浙江宁波。”

打捞

采用首创的弧形梁非接触文物整体迁移技术

长江口二号古船是目前国内乃至世界上发现的体量最大、保存最为完整、船载文物丰富的古代木质沉船之一。根据古船年代和长宽比例推测，长江口二号古船可能为沙船，这也是我国沿海海域水下考古首次发现此类船型。

由于古船受水流冲刷严重，特别是随着长江口水势流向改变，古船加速露出河床表面，亟须采取整体打捞方式对长江口二号古船进行保护。