褚晓波坦言，整体打捞出水只是序曲，更大的考验还在后续的全面考古调查与科技保护，“古船保留了大量的历史信息，如同一幅缩微历史画卷，我相信古船的故事刚刚开了个头。”

长江口二号古船是中国水下考古又一里程碑式的重大发现，它最为可贵之处在于其完整度，船体和船用属具保存较好，船货丰富，大量船上生活物品展现了清代晚期商船航行与船上生活的生动画面，为研究中国近代经济贸易史、长江黄金水道航运史和近代海上丝绸之路提供了重要实物资料。

目前，上海市委市政府已选定上海船厂旧址作为长江口二号古船出水后的“新家”，充分利用两个老船坞和保留的历史建筑来筹建长江口二号古船博物馆。未来，作为历史建筑的老船坞也将“变身”为沉船考古基地和古船博物馆。考古人员将在这里逐步揭开这艘清代古沉船的诸多未解之谜。

这将是一座活态的博物馆，可同步开展考古发掘、文物保护和展示教育，以及考古与非遗活态体验和国际水下文化遗产的科学研究等。这也成为世界首个古船考古发掘、整体迁移、文物保护与博物馆建设展示同步实施的项目。

上海市文化和旅游局党组书记、局长，上海市文物局局长方世忠表示：“我们将牢牢坚持保护第一的理念，确保古船整体迁移安全稳妥，深入挖掘古船历史文化价值，高标准建设古船博物馆，让文物‘开口’说话，最大程度地发掘古船的科学、历史、艺术、社会和文化价值。”