蔡元培等人的通电在《晨报》发表之后，一些革命党人愤慨至极。在他们看来，蔡元培是老资格的同盟会员，曾经组织过“光复会”等革命组织，担任过孙中山为首的中华民国临时政府第一任教育总长，此时此刻，理应站在国民党一边，怎能替北方军阀说话？上海的国民党报纸《民国日报》于6月7日和10日连续发表《问蔡老先生》和《被坏人利用的好人》两篇专论，指出吴佩孚之拥戴黎元洪，无非是“借他来作个傀儡，来行他什么‘巩固北洋正统的大计划’，预备作袁世凯第二罢了”。因此蔡元培已被吴佩孚等人利用。
如果说《民国日报》上的文章还比较温和，章太炎发表在《申报》上的文章就颇有讨伐的意味了。章太炎本是蔡元培旧友，与孙中山的关系并不好，多次跟孙中山发生过争执，他曾经甚至想活动一帮人将孙中山赶下领袖的位置。此时他却毫不犹豫地开炮：“阅公对中山停止北伐一电。南方十二省，唯六省尚称自治，其余悉为北方驻军所蹂躏，贪残无道，甚至于奉张。此次北伐，乃南方自争生存，原动不在一人，举事不限护法。公本南人，而愿北军永据南省，是否欲做南方的李完用耶？或者身食其禄，有箭在弦上之势，则非愚者所敢知也。”
与此同时，《申报》还同时发表国民党大佬张继的通电，代表国民党声讨蔡元培。张继的话说得极其难听：“阅公劝中山先生停止北伐一电，不胜骇然。北军宰割江流，行同强寇。仆北人也，尚不愿乡人有此行动。公以南人，乃欲为北军游说，是何肺肠！前者知公热心教育，含垢忍辱，身事伪廷，同人或尚相谅。今乃为人傀儡，阻挠义兵，逸出教育范围之外，损失名誉，殊不恒也。”
读到《申报》上的文章，蔡元培一时气急晕了过去。李大钊、胡适等人赶到医院探望，蔡元培对报上称自己为“傀儡”、“身事伪廷”，深感屈辱 ，他对李、胡等人说：“受同营垒攻击，真使我斯文扫地！”话音未落，双眼泪水直流。
