这一年，由于盟军在西太平洋地区发动反击特别是海军活动的加强，导致日军拥有的船只吨位较上年减少了100万吨。不过，由于战争初期大量战俘的转运工作已经在1943年春天基本上完成，且日本在战场上并未落败，国内工业生产对于盟军战俘劳工的需求还不是那么迫切，所以转运工作陷入了一种“停滞”状态，“地狱航船”的活动频率大大降低。
1944年是第三阶段。由于日本已经显示出战争的颓势，国内被征召入伍男性越来越多，本土劳动力缺乏，1944年成了“地狱航船”活动的高峰期，也是被转运的盟军战俘的“地狱年”。这一年，日军对盟军战俘和平民进行了3次大规模的转运，正常的转运同时进行。盟军袭击日本船只的战果不断扩大，日本船只吨位迅速下降，安全航行系数越来越低。该年，日本损失船只吨位达到382.3万吨，其中被潜艇击沉的船吨位达238.8万吨，商船减少到战争开始时的40%，很多小吨位的破旧轮船被征用于转运战俘。
由于国内工业生产的迫切需要，面对不利局面，日本没有减少战俘的转运数量，但由于船只吨位的损失过快，每次大规模转运的战俘人数都比上一次少，地狱航船的生存环境也越来越恶劣。日军的虐杀、虐待加剧，加上疾病，战俘的死亡率大幅攀升。1944年，转运战俘的数量大约与1942年持平为47057人次，伤亡却为17383人。1942年只有两艘船被击沉，死亡率低于5%，而1944年有13艘地狱船被击沉，死亡率达到了难以置信的37%—其中9月份就有9300名战俘葬身大海。
1945年是地狱航船的最后一个阶段，也是地狱航船终结的一年。到1945年8月，日本商船几乎从海上消失，此时的日本船只吨位仅为开战时的23%。随着日军日益丧失制海权，战场环境对于日军来说不断恶化，地狱航船航行所需的时间越来越长，被转运的战俘普遍受到虐待，地狱航船上战俘自杀、相互残杀的情况变得普遍。为了打击日本的运输能力，也由于日本拒绝在运送战俘的船只上标记红十字符号，盟军加强了对日本船只的打击，死于盟国攻击之下的盟军战俘数量激增。
