在筹建过程中,慈禧和光绪帝还曾召见农工商部官员问询情况,慈禧甚至亲自“拟选取各种鸟兽鳞介品类,选行豢养陈列,为动、植物院之基础。”这都加快了万牲园的建设进度。
在筹建万牲园时,端方在国外购买的动物抵达北京。光绪三十三年(1907)《大公报》6月7日(农历四月二十七日)报道,端方选购的各种动物共计五十九笼运送回京,其中有“大象一只,斑马一匹,花豹二只,鹿八只,各种猿猴三十八头,大狮二只,老虎二只,袋鼠四只,羚羊一只,塘鹅二只,驼羊一只,野牛一匹,鸵鸟四只,仙鹤六只,天鹅十四只,美洲虎一只,大熊四只,美洲狮类大兽二只……”,这批动物先是于农历四月二十五日运至塘沽,两天后抵达京城。
有意思的是,这批动物到京城后,万牲园还没有建起,只得把它们临时寄养在广善寺内,后来,这个寺庙也划归万牲园。
万牲园于光绪三十三年(1907年)7月19日正式建成。内设动物园、植物园、蚕桑馆、博物馆、茶馆、餐厅、照相馆等,当时的报纸赞叹为“博大富丽,包罗万象,为北京三百年来,中华二十一省,所没有见过的。”
建成之后,清廷还敕令各省上供各地的特产动物。据清宫档案记载,光绪三十三年十二月,浙江布政使喻兆蕃解送山鸡、水鸭、水獭、野猪等动物;光绪三十四年三月,广东工商局派知县曾昭声呈解琼州鹦鹉一对,琼州猴子一只,崖州飞蛇二对,海鹤一对;光绪三十四年四月,福建农工商局派候补把总林兴解送画眉二只,白鹦鹉一只,白燕四对,香雀一对,鹿一只,猴一只,松鼠一只;光绪三十四年六月,东三省总督徐世昌将奉天海域所产动物解送北京,有鹰、青燕鸟、花纹鸟、叫天鸟等。
慈禧以及一些大臣也向动物园赠送了自己的收藏,比如慈禧珍爱的小猴,内务大臣赠送的八蹄马等,这也使得万牲园的各类珍稀动物愈加齐全。