明嘉靖七年(1528年)巡漕御史吴仲重浚通惠河，将元代通惠河普济闸以下河道改由通州城北入潞，张家湾作为北运河漕运北端的地位才被改变。北运河漕运北端码头移至通州城东北，用意仍是水陆运输两者兼顾，但张家湾作为北运河上的漕运枢纽地位仍然没有动摇，这种状况直到张家湾上游运河改道。
明朝中期国力渐弱，塞外蒙古各部却死灰复燃，多次突破长城入袭中原，明英宗“土木堡之变”后，明朝已对北方民族转入守势。嘉靖二十九年（1550年）十万蒙古骑兵再次突破古北口长城，兵锋指向通州一带，当时通州已有城池，张家湾却没有城池可守，于是蒙古骑兵避开通州城绕道河东一线扑向张家湾。张家湾建有通济仓，此时正有大量屯粮，如果这里被蒙古骑兵占领，存粮为之劫夺，敌兵获得粮饷补充，北京城的危险就更大了。幸得“都御史王竱驰至通州，收艚舟舣潞河西，勿使为寇用。寇屯河东二十里孤山、洳口诸处，阻水不得渡”（《读史方舆纪要》），张家湾的粮仓才算保住了。
《明史》记载：此次惊险过后，王竱给嘉靖皇帝上书，建议在张家湾建造城池以保此处粮仓不失，时任顺天府尹的刘畿，也上书称在张家湾“建城便于保卫，利于固守”，要求在张家湾筑城。皇帝连接两道上书，也意识到了问题的严重性，决定抢筑张家湾城以保这里的粮仓，诏令顺天府丞郭汝霖、通判欧阳昱负责工程建设。建筑材料不够就四处搜罗，经费不足就自己带头从伙食费里捐款，抢筑张家湾城拆毁了前朝通惠河废弃的河口石闸，还用掉了嘉靖皇帝三万两的伙食费！
由此可见，张家湾在当时北运河漕运上的地位仍很重要。通州早在明初徐达、常遇春于洪武元年（1368年）北伐时就改筑砖城，这时的通惠河入北运河河口也已北迁通州城下，但对张家湾却仍然不敢掉以轻心，这就是当时的状况。
